孔门婚姻的历史可以追溯到春秋战国时期，当时周王室的权力越来越弱，各诸侯国互相联姻，以扩大自身的势力范围。孔子弟子中也有不少家族是藉由联姻而逐渐壮大的。孔门婚姻的衍生，也是基于孔子家族的传承，而逐渐成为孔子弟子们维护家族荣誉和延续孔门学派影响力的一种方式。
孔门婚姻也有其特殊的规矩，如要求配偶必须是同门，避免嫁妆的影响，保证家族的财富基业不外流。此外，孔门婚姻追求的是异姓之间的联姻，以扩大家族势力范围。从血缘上看，孔子的后代如孔仲尼、孟子等人是同宗同姓，所以为维护家族血脉纯正，孔门婚姻也規定不得近亲繼承。孔门婚姻在儒家学派中一直占据特殊地位，也对中国社会的儒家文化和政治产生了深远的影响。
在孔门婚姻中，青年男女的婚事并不是自由而随意的。按照孔子的说法，“家不得不论，其乱如麻。”孔子强调必须慎重选择，认为婚姻是一件极其重要的大事，关乎家族的荣誉与利益。因此，选亲十分讲究，不仅要看对方是否同门，还要了解对方的品行、家庭背景、修养等等方面的情况。因为婚姻将会决定两家人的荣辱，直接联系到家族未来的兴衰。
孔门婚姻虽然在中国古代社会占有很重要的地位，但是它有一个明显的弊端，就是过于强调门第高低，降低了个人价值和个人自由度。而且，孔门婚姻的代码规定过于刻板，一旦有所异议就会受到批判，使得一些人在婚姻中失去自主权。
所以，孔门婚姻在当今社会中已经失去了它原本的契约属性，许多规定在今天也不再符合现代人的价值观。不过，从历史和文化遗产的角度来看，它依然是中国文化中一笔宝贵的财富。兴废继绝的孔门婚姻，展现了中国古代一个家族传承下来的道德准则，庄重而又令人倍感敬仰。